Il palazzo dell’Archiginnasio fu costruito fra il 1562 ed il 1563 per volere del Legato pontificio di Bologna e su progetto dell’architetto bolognese Antonio Morandi detto Terribilia.
Lo scopo dell’operazione era quello di dare una sede unitaria all’insegnamento universitario fino allora disperso in varie sedi.
Dall’entrata di Piazza Galvani si accede a un cortile quadrato circondato da portici che custodiscono i cosiddetti stemmi, dipinti che all’epoca dovevano rafforzare l’idea di autorità dell’istituzione, che celebravano le testimonianze della famiglia ed enfatizzavano la storia, il prestigio della tradizione accademica.
All’interno del palazzo – oltre che le aule scolastiche (oggi non visitabili poiché costituiscono i depositi principali di libri della Biblioteca) e due aule magne poste alle estremità del fabbricato tra cui la Sala dello Stabat Mater – è da menzionare e sicuramente da visitare il Teatro Anatomico, chiamato così per la caratteristica forma ad anfiteatro.
Fu progettata per le lezioni anatomiche dall’architetto bolognese Antonio Paolucci detto il Levanti.
È fiancheggiata da 12 statue che rappresentano dodici medici famosi come Ippocrate, Galeno, Fabrizio Bartoletti, Girolamo Sbaraglia, Marcello Malpighi, Carlo Fracassati, Mondino de’ Liuzzi, e da venti dei più famosi anatomisti dello Studio bolognese.
L’edificio, dal 1838, dopo essere stato per alcuni anni scuola elementare, è sede della Biblioteca. Al piano terreno alcune delle antiche aule sono occupate dalla Società Medica Chirurgica e dall’Accademia di Agricoltura.